食品安全管理体系认证依据国家标准等同采用的guoji标准实施，适用于食品生产，加工，储运和销售等环节的组织。这项认证以危害分析和前提方案为基础，要求组织识别生产过程中可能出现的生物，化学和物理危害，确定控制措施，并通过体系运行保证措施有效。辽宁的食品工业门类比较齐全，水产加工，肉禽屠宰，乳制品，调味品和食品添加剂生产企业较多，出口企业为了满足境外客户和进口国的要求，办理这项认证的情况相对集中。
办理条件包括组织具有合法的食品生产经营资质，建立并运行食品安全管理体系，一般需要有三个月以上的运行记录，并完成内部审核和管理评审。企业需要制定前提方案，对环境，设施设备，清洁消毒，虫害控制，人员卫生和培训作出规定，并在此基础上开展危害分析，确定操作性前提方案和关键控制点。
需要准备的材料有营业执照，食品生产许可证或者食品经营许可证，体系文件，危害分析资料，前提方案和操作性前提方案，内部审核记录，管理评审记录，产品执行标准，厂区平面图和工艺流程图，以及产品和环境检测报告。
办理流程为提出申请，认证机构进行合同评审，开展di一阶段审核了解体系运行情况，再进行第二阶段现场审核，对不符合项整改验证后作出认证决定并颁发证书。证书有效期内每年需要接受监督审核，证书有效期为三年。
办理周期一般在一个月到三个月，不包括体系建立和运行所需的时间。费用通常根据企业人数，认证范围和现场数量核算，由认证机构在合同中明确。
辽宁大连某水产加工企业以出口冻品和调理食品为主，客户要求提供食品安全管理体系认证证书并接受现场审核，企业在体系建设过程中完善了原料验收标准，工艺用水控制，金属探测记录以及冷链温度记录，通过认证后顺利通过境外客户的供应商审核。这个案例说明体系的落地程度直接决定审核的顺利程度。
体系运行中的常见问题集中在前提方案与危害分析的关系上。前提方案是基础条件，操作性前提方案和关键控制点针对的是通过前提方案无法控制到可接受水平的危害，如果把两者混在一起，容易出现控制措施重复或者遗漏。另外，验证和确认容易被忽视，确认是在实施前判断控制措施能否达到预期效果，验证是在实施后通过记录复核，抽样检测和设备校准证明控制措施在有效运行，两者都需要保留证据。企业可以在体系文件中把这两个概念和各自的记录表单分别列明，避免现场审核时解释不清。
从行业热点看，预制菜产业发展，食品安全属地管理和企业主体责任的落实，出口食品生产企业备案以及冷链物流标准化等工作，都对食品企业的过程管理提出了更具体的要求。企业把认证要求与日常的检验检测和质量记录结合起来，体系的运行成本会更可控。
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